Podem ser formados essencialmente pela acumulação de conchas de seres vivos marinhos. Estes seres vivos fixam o carbonato de cálcio formando peças esqueléticas, como no caso das conchas. Quando estes organismos morrem as conchas acumulam-se no fundo do oceano, onde podem ser cimentadas por carbonato de cálcio. Os calcários assim formados são designados por calcários conquíferos. Nos locais em que existem corais podem formar-se calcários como resultado da acumulação de polipeiros, carapaças de ouriços-do-mar, conchas e fragmentos de algas. Estes calcários são designados por calcários recifais ou coralinos.
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Alguns calcários biogénicos:
Calcário com Orbitolinas - Guincho. Pt
Calcário Conquífero - Serra da Boa Viagem - Figueira da Foz. Pt
Estromatólitos - Serra da Chela - Lubango . Angola
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